南京个税扣缴手续费退费有时间限制吗

有，

2023年1月1日-3月30日（不是3月31日）财务人员可通过自然人电子税务局（扣缴端）或自然人电子税务局(WEB端)“退付手续费核对”模块申请办理2022年度个人所得税扣缴手续费。

自然人电子税务局(WEB端)操作指引

首页功能菜单下点击【退付手续费核对】，进入“退付手续费核对”页面。

注意：为确保您的合法权益，请务必在规定的时间内向税务机关提交退付申请。因扣缴义务人自身原因，未及时提交申请的，视为自动放弃。